Κατά τη διάρκεια της ιστορίας, ανάλογα με τους εκάστοτε κυρίαρχους, η πόλη της Μπίτολα είχε πολλά διαφορετικά ονόματα.
Η σλαβική ονομασία της πόλης, Μπίτολα, προέρχεται από τη λέξη Obitel, η οποία κατά τον Μεσαίωνα χρησιμοποιούνταν για να δηλώσει μια μοναστική κοινότητα, δηλαδή ένα μοναστήρι. Η ονομασία αυτή συνδέεται με τα πολυάριθμα μοναστήρια που υπήρχαν στην πόλη και τη γύρω περιοχή, ορισμένα από τα οποία σώζονται μέχρι σήμερα. Με την πάροδο του χρόνου, ο φθόγγος «Ο» παραλείφθηκε από την προφορά της λέξης «Obitel» και το όνομα της πόλης εξελίχθηκε σε Μπίτολα.
Οι Έλληνες αποκαλούσαν την πόλη Μοναστήρι (Μοναστήριον) για τους ίδιους λόγους.
Η ονομασία Μπίτολα είναι η σημερινή επίσημη ονομασία της πόλης, αλλά ταυτόχρονα θεωρείται και η αρχαιότερη, όπως προκύπτει από την επιγραφή της Μπίτολα του 1015, όπου η πόλη αναφέρεται, καθώς και από αναφορές στρατιωτικών διοικητών του Tsar Samuil και περιηγητών της εποχής.
Ο Άραβας περιηγητής Muhammad al-Idrisi έγραψε τον 12ο αιώνα:
«Απαιτούνται δύο ημέρες ταξιδιού προς τα ανατολικά για να φτάσει κανείς από την Αχρίδα στη Βουτίλη (Μπίτολα). Η Βουτίλη είναι μια ασυνήθιστη και όμορφη πόλη.»
Υπάρχουν επίσης αφηγήσεις σύμφωνα με τις οποίες υπήρχαν 41 εκκλησίες στη δεξιά όχθη του ποταμού Δραγόρ και άλλες τόσες νερόμυλοι για την υποστήριξή τους, καθώς και 29 εκκλησίες στην αριστερή όχθη με αντίστοιχους νερόμυλους. Κατά τις εορτές, οι κάτοικοι από τα χωριά της πεδιάδας της Μπίτολα συγκεντρώνονταν σε αυτές τις εκκλησίες για να τελέσουν τα θρησκευτικά τους έθιμα. Επειδή η περιοχή ήταν γεμάτη από εκκλησίες, η πόλη ονομάστηκε Μοναστήρι.
Μια άλλη εκδοχή αναφέρει ότι η πόλη ονομάστηκε Μοναστήρι από έναν μεγάλο ναό που βρισκόταν πάνω από την πόλη, κοντά στη σημερινή «Μαύρη Γέφυρα» (kara köprüsü), ο οποίος μπορούσε να φιλοξενήσει όλους τους κατοίκους της πεδιάδας κατά τις μεγάλες γιορτές.
Σύμφωνα με τον Marko Cepenkov, η πόλη πήρε το όνομά της από έναν γαιοκτήμονα, τον Τόλιο, ο οποίος είχε φρούριο κοντά στο σημερινό χωριό Μπούκοβο. Όταν οι Οθωμανοί έφτασαν για να κατακτήσουν την περιοχή, καλούσαν τον Τόλιο να πολεμήσει λέγοντας «Bi Toljo, do bi Toljo», από όπου, κατά την παράδοση, προήλθε η ονομασία Μπίτολα.
Κατά την περίοδο της Οθωμανικής κυριαρχίας, η πόλη ονομαζόταν Μοναστήρι (Manastır), ονομασία που υιοθετήθηκε από τους Τούρκους και τους Αλβανούς από τα ελληνικά. Μετά τους Balkan Wars του 1913, η πόλη εντάχθηκε στο σερβικό κράτος και επανέκτησε την παλαιά της ονομασία, Μπίτολα.
