Хајдар Кади џамија се наоѓа на левата страна на реката Драгор, во близина на Дебојот и поранешниот Овчи пазар. Според зачуваните историски извори, џамијата била изградена во 1561 – 62 година.
Според некои извори проектот бил направен од познатиот турски архитект Синан Мимар, а изградбата била финансирана од страна на Хајдар Кади, кој во тоа време бил кадија (судија) во Битола.
Според патеписецот Евлија Челеби во седумнаесеттиот век, оваа џамија се сметала за една од најубаво украсените во тоа време. Според некои извори, таа била единствената џамија во Битола со две минариња.
Џамијата била обновена во 1890 година, а исто така се знае дека пред посетата на Султан Решад V во Битола во 1911 година, биле обновени многу згради во градот и сите џамии.
Џамијата Хајдар Кади по Балканските војни повеќе не била во употреба како религиозен објект и беше изложена на постојано уништување, се до нејзиното комплетно реновирање кое започна во 2012 г и беше финансирано од Република Турција.
