Во текот на историјата, во зависност од владетелите, градот Битола имал многу имиња.
Словенскиот назив за градот, Битола, потекнува од зборот Обител кој за време на средниот век се користел за заедница на монаси, односно манастир. Името го добил по многуте манастири што се наоѓале во градот и во околината, а некои постојат и денес.
Со текот на времето, гласот О се исфрла во изговорот на зборот „Обител“, и името на градот станува Битола.
Грците од истите причини градот го нарекувале Монастири (грчки: Μοναστήρι).
Битола е денешен официјален назив за градот, но истовремено и најстариот назив, судејќи по Битолската плоча од 1015 година на којашто градот е спомнат, како и според многуте војсководци на царот Самуил, како и патниците од тоа време.
Арапскиот патник Абу Абдалах Мухамед ал-Идриси во 12 век напишал:
„Потребни се два дена патување на исток за да се стигне од Ахрид (Охрид) до Бутили (Битола). Бутили е необичен и убав град.“
Постојат приказни според кои на десниот кеј на реката Драгор имало 41 цркви и исто толку воденици за нивно издржување. Исто така и на левиот кеј на Драгор имало 29 цркви со исто толку воденици. За време на празничните денови во тоа време, народот од селата од Битолското поле се собирале кај овие цркви каде ги вршеле своите верски обреди. Со оглед на тоа што земјиштето на кое се наоѓал градот Битола тогаш било прекриено со многубројни цркви, градот го добил името Манастир.
Има верзија која вели дека градот Битола името Манастир го добил по една огромна црква која се наоѓала над Битола, кај сегашниот мост викан Црн Мост (турски јазик: kara köprüsü). Во оваа црква можеле да се сместат сите присутни од селското население од битолското поле кои доаѓале за време на празниците да ги вршат верските обреди.
Според записите на Марко Цепенков, градот Битола своето име го добил по големопоседникот Тољо, кој имал своја тврдина во близината на денешното битолско село Буково. Во времето кога дошле Турците да го освојат овој дел од Македонија, за да го повикаат на борба големопоседникот Тољо, му велеле „Би Тољо, до би Тољо“, со што според Марко Цепенков од таму потекнува денешното име на градот Битола.
За време на отоманските власти, градот се викал Манастир, што Турците и Албанците го усвоиле од Грците. После Балканските Војни од 1913 градот потпаѓа под српска окупација и повторно го добил старото име Битола.
