Die ältesten Spuren menschlichen Lebens im Pelagonien-Tal stammen aus der Jungsteinzeit (Neolithikum). Der älteste bekannte Vertreter ist die Veluško-Porodinska Kultur, die an das Ende des frühen Neolithikums datiert wird.
Zahlreiche materielle Funde von archäologischen Fundstätten (Velušina, Porodin, Beranci) belegen Kulturschichten aus dem Eneolithikum sowie der Bronze- und Eisenzeit. Die Entdeckungen an der antiken Stätte Heraclea Lyncestis (errichtet von Philipp II. im Jahr 349 v. Chr.) schaffen eine Kontinuität des städtischen Lebens von der makedonisch-hellenistischen bis in die römische Epoche.
Nach rund tausendjährigem Bestehen kam das Leben in der antiken makedonischen Stadt Heraclea im 6. Jahrhundert zum Erliegen. In dieser Zeit begann die massenhafte Ansiedlung slawischer Stämme in den makedonischen Gebieten. In unmittelbarer Nähe von Heraclea ließ sich der makedonisch-slawische Stamm der Berziten bzw. Brsjaci nieder und begann mit der Gründung einer neuen slawischen Siedlung. Diese wurde von Fremden unterschiedlich bezeichnet, etwa als Butela oder Butelion, während die einheimische slawische Bevölkerung ihre Siedlung Bitolj nannte, woraus sich der heutige Name Bitola ableitet.
Während der Herrschaft von Zar Samuil, seinem Sohn Gavril Radomir und seinem Enkel Jovan Vladislav befand sich in Bitola eine kaiserliche Residenz bzw. kaiserliche Paläste. Während eines Feldzuges befahl der byzantinische Kaiser Basileios II. deren Niederbrennung, doch die Stadt selbst wurde nicht eingenommen.
Wie andere mittelalterliche Städte besaß auch Bitola eine eigene Festung zum Schutz der Bevölkerung vor militärischen Angriffen und Plünderungen. Diese Festung wurde im Laufe der Zeit stark beschädigt. Im Jahr 1015 wurde Zar Gavril Radomir von seinem Vetter Zar Jovan Vladislav ermordet, der sich daraufhin selbst zum Kaiser erklärte und in den Jahren 1015/1016 den Wiederaufbau der Stadtfestung anordnete.
Bei dieser Gelegenheit wurde an prominenter Stelle, am Eingang der Festung, eine große Marmortafel mit slawischer Inschrift angebracht. Darauf wird die Stadt erstmals unter ihrem slawischen Namen erwähnt, wobei festgehalten ist, dass an diesem Ort eine Stadt mit dem Namen Obitel errichtet wurde, was „Klosterwohnsitz“ oder „Gemeinschaft“ bedeutet. Diese Marmortafel wurde in der Solak-Singur-Čauš-Moschee gefunden und befindet sich heute im Museum von Bitola.
Nach der kurzen Herrschaft von Kaiser Jovan (Johannes) Vladislav fielen Bitola und das gesamte Reich unter byzantinische Herrschaft. Im Jahr 1019 wird Bitola als Sitz eines Bischofs erwähnt, der der kirchlichen Verwaltung des Erzbistums Ohrid unterstand. Diese Erwähnung findet sich im Werk von Jovan Skylitzes „Kurze Geschichte“ sowie im berühmten „Schreiben“ von Kaiser Basileios II., in dem Bitola als eine bedeutende slawische Stadt dargestellt wird.
Im 12. Jahrhundert erwähnte Wilhelm von Tyrus, der am Ersten Kreuzzug teilnahm, Bitola als eine große und schöne Stadt. In der Mitte des 13. Jahrhunderts lieferte auch der arabische Reiseschriftsteller Idrisi in seinem Werk „Geographie“ ähnliche Angaben und schrieb, dass Bitola eine bedeutende und schöne Stadt mit einer hervorragenden Lage sei. Theophylakt von Ohrid beschrieb Bitola während des Reiches von Dušan in der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts als eine entwickelte Siedlung mit feudaler Ordnung und einem regen Handel mit Dubrovnik, Venedig, Thessaloniki und Konstantinopel. Kurz gesagt: Bitola erlebte im Mittelalter, unmittelbar vor dem Fall unter osmanische Herrschaft, eine starke Blütezeit.
Im Mittelalter war Bitola zudem ein kirchlicher Sitz für die Region Pelagonien und darüber hinaus.
Mit dem Vordringen der osmanischen Türken auf die Balkanhalbinsel fiel Bitola in den Jahren 1382/83 unter osmanische Herrschaft. Ein türkischer Chronist des 17. Jahrhunderts vermerkte in seinem Werk „Ereignisse, die erfreuen“:
„… WÄHREND DIE FESTUNG PRILEP FRIEDLICH EINGENOMMEN WURDE, WURDE DIE FESTUNG BITOLA MIT GEWALT EROBERT …“
Bei der Eroberung der Stadt Bitola stießen die Türken auf starken Widerstand der Bevölkerung. Nach mehreren Tagen wurde dieser jedoch durch den überlegenen Eroberer unter der Führung von Timurtaschbeg gebrochen.
Nach der Einnahme der Stadt wurde die Festung von Bitola dem Erdboden gleichgemacht. Durch ein besonderes Dekret von Sultan Murat I. wurde die Stadt der Verwaltung von Euronos Bey übergeben. In dieser Zeit wird Bitola in osmanischen Dokumenten unter dem Namen Manastir erwähnt, mitunter auch als Toli Manastir, nur Toli, nur Manastir oder auch Monastir.
Aufgrund ihrer bedeutenden geografischen Lage entwickelte sich Bitola zu einem wichtigen militärisch-politischen sowie administrativ-kulturellen Zentrum in diesem Teil des Balkans.
In der darauffolgenden Zeit erlebte die Stadt tiefgreifende ethnische Veränderungen. Die türkische Bevölkerung wurde zur dominierenden Bevölkerungsgruppe, für deren Bedürfnisse religiöse Einrichtungen errichtet wurden – Moscheen – sowie weitere bedeutende Bauwerke wie Medresen (religiöse Schulen), Bezistane, Tekken, Herbergen, Hamams (Bäder) und Sarais (prächtige Wohnhäuser).
Im 15. Jahrhundert ließ sich auch die jüdische Bevölkerungsgruppe in der Stadt nieder, nachdem sie aus Spanien und Portugal vertrieben worden war. Im 18. Jahrhundert folgten die Walachen, die vor der Unterdrückung durch Ali Pascha von Janina flohen, der 1778 ihre große und wohlhabende Stadt Moskopole niederbrennen ließ.
Dieses Wachstum der Stadt ermöglichte es Bitola, nach Thessaloniki zum wichtigsten wirtschaftlichen und kulturellen Zentrum Macedonias zu werden. Die osmanische Verwaltung belastete die Landbevölkerung durch ihr spezielles Timar-Sipahi-System mit sehr hohen und ungerechten Abgaben, die viele nicht mehr tragen konnten, weshalb es zu verschiedenen Formen des Widerstands kam. Zugleich traten zahlreiche Räuberbanden auf, die die Bewohner der Dörfer im Raum Bitola rücksichtslos terrorisierten.
Aus diesem Grund begannen viele Menschen zu fliehen, ihre Dörfer zu verlassen und in die Stadt zu ziehen. Mit der Umsiedlung der Landbevölkerung nach Bitola, die im 17. Jahrhundert einsetzte, begann die erneute Slawisierung der Stadt, das heißt, Bitola entwickelte sich überwiegend zu einer ethnisch mazedonischen Stadt.
Die Albaner siedelten sich nach und nach in den Gebieten an, aus denen andere Bevölkerungsgruppen abgewandert waren. Neben wohlhabenden Türken, Walachen und Juden gab es auch wohlhabende Mazedonier, die Handelsverbindungen nach Triest, Wien, Leipzig und Konstantinopel sowie in Länder wie Serbien, Rumänien und Bulgarien unterhielten. Diese Kaufleute besaßen eigene Geschäfte und Lagerhäuser im Basar von Bitola und bestimmten dort das wirtschaftliche Leben.
Im Basar entstanden spezielle Märkte, auf denen jeweils nur eine bestimmte Warenart gehandelt wurde, wie zum Beispiel: Pekmez-Pazar, Linsen-Pazar, Schaf-Pazar, Holz-Pazar, Pferde-Pazar, Butter-Pazar und andere. Ähnlich war es mit den Stadtvierteln, den sogenannten Maala: Bair-Maala, Bela-Česma, Čifte-Furni, Arnaut-Maale, Gjupska-Maala, Evrejska-Maala, Yeni-Maale und weitere. An Markttagen hörte man im Basar neben Mazedonisch auch Walachisch, Ladino (die Sprache der Juden), Türkisch und andere Sprachen. Es gab kaum jemanden, der nicht zwei oder sogar drei Fremdsprachen beherrschte.
Für diese Epoche hinterließ der venezianische Gesandte Lorenzo Bernardo wertvolle Informationen über die Stadt. Er schreibt:
„… MONASTERIO IST EIN SEHR BEVÖLKERTER ORT … wie man sagt, hat er 1.500 Häuser, davon 200 jüdische … es gibt keine Festung … es gibt einen Kadi (Sitz eines Richters und der Justizbehörden), es ist reich an Getreide und handelt mit Wolle, Wachs und Häuten … es ist wasserreich und besitzt viele Brunnen … es gibt einen Bezisten, schöne Moscheen und eine Karawanserei …“
In dieser Zeit übernahmen die Bürger Bitolas für ihre Bedürfnisse und zu allen Anlässen westeuropäische Mode – in der Kleidung ebenso wie in Umgangsformen und Kontakten. Gleichzeitig spiegelte sich der äußere Glanz auch in der Architektur wider, wodurch ein neuer, prowestlicher Lebensstil in die Stadt Einzug hielt. In dieser Phase wuchs die Einwohnerzahl Bitolas erheblich.
So entwickelte sich Bitola von einer Stadt mit etwa 8.000 Einwohnern im Jahr 1807 zu einer Stadt mit rund 46.000 Einwohnern im Jahr 1858 und wurde damit zu einer der entwickelteren Städte – nicht nur in Macedonia, sondern auf dem gesamten Balkan.
Seit den 1850er-Jahren weckte Bitola als Zentrum des europäischen Teils der Türkei das Interesse zahlreicher Balkan- und europäischer Staaten, die hier eigene Konsulate und Vertretungen eröffneten. Dies führte dazu, dass sich Bitola zu einem bedeutenden militärisch-ökonomischen, politischen und kulturellen Zentrum entwickelte, enge Handelsbeziehungen mit Europa aufbaute und sich von einer orientalischen Stadt zunehmend zu einer europäischen Stadt wandelte – in Architektur, Lebensweise, Verhalten, Kleidung und vielem mehr.
Es war die Zeit, in der Bitola die Beinamen „Stadt der Konsuln“, „Stadt der Klaviere“ und „die meistbesungene Stadt“ erhielt.
Im November 1851 eröffnete Österreich als erstes Land sein Konsulat. Danach entsandten auch Russland, Griechenland, Serbien, Italien, Rumänien, Großbritannien und Frankreich ihre Diplomaten, sodass während der rund neun Jahrzehnte dauernden Konsulatszeit etwa hundert Konsuln durch Bitola wirkten.
Parallel zu den Aktivitäten der Konsuln im Interesse ihrer jeweiligen Länder oder benachbarter, gegenüber Macedonia aggressiv auftretender Staaten hatte bereits ihre bloße Präsenz in der Stadt einen starken Einfluss auf die Bevölkerung. Ihre persönlichen Kontakte zu den Einwohnern Bitolas, ihre Kleidung, Umgangsformen, Etikette, ihre Kenntnisse mehrerer Fremdsprachen, ihre Bälle und gesellschaftlichen Veranstaltungen wirkten beeindruckend auf die Bürger. Wohlhabendere Einwohner begannen häufig, diesen Lebensstil zu imitieren, was sich nach und nach auch auf andere Bevölkerungsschichten, insbesondere auf die Intelligenz, übertrug.
Bitola ist reich an historischer Architektur aus der Zeit der Romantik, der Neorenaissance und des Neobarock. Einige der monumentalen Bauwerke stehen unter gesetzlichem Denkmalschutz, darunter der Bezisten, die Isak-Moschee, die Haydar-Kadi-Moschee, der Uhrturm, das Offiziershaus, die katholische Kirche, das Rektorat, die Kirchen des Heiligen Demetrius, der Heiligen Nedela und der Heiligen Bogorodica sowie das ehemalige Osmanische Bankgebäude und weitere.
Zu Beginn des 19. Jahrhunderts (1835) wurde Bitola zum Zentrum des Vilayets Rumelien. In dieser Zeit entstanden zahlreiche militärische und kommerzielle Einrichtungen für den umfangreichen militärisch-administrativen Apparat, darunter die Rote und die Weiße Kaserne sowie eine Militärschule, die später zu einer Militärakademie ausgebaut wurde. Im Jahr 1898 erhielt hier der berühmte türkische Staatsmann, erste Präsident der Türkei und Begründer des modernen türkischen Staates, Mustafa Kemal Atatürk, seine Ausbildung.
Während des Ilinden-Aufstands war der Revolutionäre Bezirk Bitola das wichtigste Schaugebiet der stürmischen Ereignisse des Ilinden-Epos. Im Jahr 1908 wurde Bitola erneut zu einer der Hauptstützpunkte der revolutionären Ereignisse der Jungtürkischen Revolution.
Während der Balkankriege (1912–1913) war Bitola die wichtigste türkische Bastion. Nach der Niederlage der Osmanen und ihrer Vertreibung wurde Macedonia zwischen Serbien, Bulgarien und Griechenland aufgeteilt – der tragischste Moment in der Geschichte des mazedonischen Volkes und auch für die Stadt Bitola, die Teil des serbischen Königreichs wurde.
Für Bitola und die Region Bitola hatte die künstlich gezogene Grenze zwischen Serbien und Griechenland katastrophale Folgen für die sozioökonomische Entwicklung. Dadurch verlor Bitola die Bedeutung eines zentralen wirtschaftlichen, kulturellen und politischen Zentrums, die es während der osmanischen Herrschaft tatsächlich besessen hatte.
Die Verschlechterung der internationalen Lage und der Ausbruch des Ersten Weltkriegs führten dazu, dass Bulgarien als Mitglied der Mittelmächte Serbien angriff und in Macedonia einmarschierte. Am 21.11.1915 zogen bulgarische Truppen in Bitola ein. Die serbischen Kräfte wurden vertrieben, und die bulgarische Besatzung dauerte bis zum Herbst 1916 an.
Im Herbst 1916 rückten die alliierten Truppen (England, Italien und Russland in Koordination mit serbischen Einheiten) in Bitola ein, und die Stadt wurde erneut eingenommen. Die Entente eroberte Bitola samt Umland; die Truppen der Mittelmächte mussten sich nach dem Verlust der Stadt entlang der westlichen und nördlichen Höhen des Baba-Gebirges – Pelister – zurückziehen. In diesen Gebieten sind bis heute Überreste von Schützengräben, Unterständen, Unterkünften für Offiziere und ähnlichen militärischen Anlagen erhalten. Nach der Einnahme durch die Entente geriet Bitola zwischen zwei feindliche Armeen.
Anschließend erlebte Bitola die schlimmsten Verwüstungen durch heftige Bombardierungen, die die Stadt in Trümmer legten und zahlreiche menschliche Opfer sowie großes Leid verursachten. Diese Zerstörungen und das Leid der Bevölkerung wurden in den Filmen der ersten Kameraleute auf dem Balkan, der Manaki-Brüder, dokumentiert. Aufgrund der erlittenen Opfer und Zerstörungen wurde die Stadt Bitola zur Heldenstadt erklärt. Diese Anerkennung wurde ihr am 15.09.1923 von Marschall Louis Franchet d’Espèrey verliehen.
In der Zeit zwischen den beiden Weltkriegen gehörte Bitola zum Königreich Jugoslawien. Die Bevölkerung blieb national benachteiligt, wirtschaftlich ausgebeutet und war Assimilation sowie Diskriminierung ausgesetzt. Nach der Kapitulation der jugoslawischen Armee im Aprilkrieg 1941 geriet Bitola unter faschistische Besatzung.
Die serbische Herrschaft wurde durch eine deutsch-bulgarische Besatzung ersetzt. Bereits drei Tage nach der faschistischen Besetzung von Bitola und der Region Bitola, auf seiner Sitzung am 11.04.1941, beschloss das Lokalkomitee der Kommunistischen Partei Jugoslawiens für Bitola unter der Führung von Stevan Naumov-Stiv, mit den Vorbereitungen für den nationalen Befreiungskampf zu beginnen.
Im April 1942 fielen die ersten Opfer im bewaffneten Kampf gegen die faschistischen Besatzer. Im März 1943 deportierte der faschistische Okkupant über 3.000 Juden aus Bitola in das Vernichtungslager Treblinka in Polen, von denen kein einziger zurückkehrte.
Am 4. November 1944 wurde die Stadt Bitola befreit. In den frühen Morgenstunden begrüßte die Bevölkerung ihre Befreier – die Siebte Bitola-Brigade und die Lerin-Kostur-Brigade – mit großer Begeisterung. Nach dem Krieg wurde erstmals in der Geschichte der mazedonische Staat gegründet, innerhalb Jugoslawiens.
Im Jahr 1945 wurde in Bitola das Gymnasium Josip Broz Tito Gymnasium Bitola eröffnet, an dem die Schüler erstmals in mazedonischer Sprache unterrichtet wurden.
Seit 1991, nach der Unabhängigkeit Macedonias als eigenständiger und souveräner Staat, begann für Bitola eine neue Entwicklungsphase. Die Stadt gewann ihren Glanz zurück, nahm die Merkmale einer modernen europäischen Stadt an, erhielt zahlreiche Konsulate und entwickelte sich in vielen Bereichen des gesellschaftlichen Lebens zu einem regionalen Zentrum für ein weites Umland.