Die hydrographischen Verhältnisse von Bitola und seiner unmittelbaren Umgebung werden durch die geologischen, geomorphologischen und klimatischen Gegebenheiten bestimmt.
Der Fluss Dragor durchfließt Bitola auf einer Länge von 4,5 km.
Der Dragor entsteht aus mehreren kleineren Flüssen, nämlich dem Dihovo-Dragor (12 km lang, dessen Quelle aus mehreren Wasserläufen besteht, die an den Hängen des Pelister entspringen: Sapunčica, Lak Potok, Crvena Reka und Klisurica) sowie dem Bratindolski Dragor oder Boroica.
Die Gesamtlänge des Flusses Dragor beträgt 25,123 km, mit einem Einzugsgebiet von 67 km, einer Beckenfläche von 188 km² und einem durchschnittlichen Gefälle von 17,0 ‰. Die Wassermenge des Flusses hängt ausschließlich von den Niederschlägen und dem Grundwasser aus dem Gebiet von Baba und Pelister ab. Der durchschnittliche Durchfluss des Dragor im Stadtgebiet von November bis Juni beträgt 2–3 m³/s. Der statische Grundwasserspiegel variiert je nach Stadtgebiet und liegt zwischen 0,50 m und 6,50 m.
Von den zahlreichen Brunnen in der Stadt ist ihre Anzahl infolge der städtischen Entwicklung nahezu auf die Hälfte gesunken, und in den meisten ist das Wasser durch Abwässer verunreinigt.
22 km von Bitola entfernt befindet sich der künstliche Stausee „Streževo“, ein bedeutendes hydrographisches Objekt für Bitola und die Region Bitola. Der See fasst ein Wasservolumen von 112.000.000 m³, hat an der Staumauer eine Tiefe von 72 Metern, eine Fläche von etwa 7 km², eine durchschnittliche Breite von rund 1 km und eine Länge von 7 km.
Weitere hydrographische Anlagen sind das Schwimmbecken „Dovledžik“, ein Ausgleichsbecken mit einer Länge von 170 m, einer Breite von 60 m, einem Volumen von 13.600 m³ Wasser, einer Tiefe von etwa 3 m und einer Kapazität von 2.000–3.000 Badegästen, sowie das „Olympische Schwimmbecken“ mit den Maßen 50 × 25 m. An beiden Standorten gibt es zudem jeweils ein Kinderbecken. An heißen Sommertagen werden beide Anlagen zum Schwimmen und zur Erholung genutzt.
Auf dem Gipfel des Baba-Pelister-Gebirges befinden sich zwei Gletscherseen, besser bekannt als die „Pelister-Augen“ – der Große und der Kleine See.