Η πόλη της Μπίτολα βρίσκεται στο νοτιοδυτικό άκρο της Μακεδονίας, στους πρόποδες του όρους Μπάμπα, με την κορυφή Pelister (2.601 μ.) πολύ κοντά στα σύνορα με την Ελλάδα, τα οποία απέχουν μόλις 13 χιλιόμετρα. Η Μπίτολα περιβάλλεται από βορρά από τέσσερις συνδεδεμένους λόφους, με υψόμετρο από 640 έως 890 μέτρα, γνωστούς ως Μπαΐρ, οι οποίοι αποτελούν μέρος της οροσειράς Ομπλακόβσκο-Σνέγκοβσκα (1.430 μ.).
Από τα νότια, η πόλη περικλείεται από τον λόφο Τούμπε Καφέ, ύψους 744 μέτρων, που αποτελεί προέκταση της ορεινής περιοχής Νεόλιτσα, η οποία με τη σειρά της ανήκει στη μεγάλη οροσειρά της Μπάμπα.
Προς τα ανατολικά, η Μπίτολα ανοίγεται στην πεδιάδα της Πελαγονίας, ενώ προς τα δυτικά εκτείνεται προς τις φλουβιοπαγετωνικές αποθέσεις του ποταμού Δραγόρ, την ευρεία κοιλάδα Τζιάβατο και τις υψηλές περιοχές του Πέλιστερ. Το έδαφος στο οποίο είναι χτισμένη η πόλη παρουσιάζει κλίση από τα 715 έως τα 585 μέτρα, από τα δυτικά προς τα ανατολικά, δηλαδή από το Πέλιστερ και τη Μπάμπα προς την Πελαγονία, με μέσο υψόμετρο περίπου 650 μέτρα. Οι υψομετρικές αυτές διαφορές επηρεάζουν σημαντικά τη μορφή της πόλης και τη δομή του αστικού τοπίου.
Αφενός, η πόλη εκτείνεται σε επίπεδο έδαφος, και αφετέρου σε λοφώδεις περιοχές και αλλουβιακά εδάφη. Η Μπίτολα βρίσκεται σε ζώνη όπου συναντώνται δύο διαφορετικές αγροτικές ενότητες: μια γεωργοκηπευτική ζώνη στα ανατολικά, βορειοανατολικά και νοτιοανατολικά, και μια δενδροκομική-κτηνοτροφική ζώνη στα δυτικά και νοτιοδυτικά.
Η πόλη της Μπίτολα εκτείνεται μεταξύ των συντεταγμένων 21°18′20″ έως 21°22′11″ ανατολικά του Μεσημβρινού του Γκρίνουιτς και 41°00′00″ έως 41°03′20″ βόρεια του Ισημερινού. Διοικητικά, η Μπίτολα αποτελεί την έδρα του Δήμου Μπίτολα, αλλά και το κύριο περιφερειακό κέντρο για τη νοτιοδυτική περιοχή της Μακεδονίας.
