Релативно поволните природни услови овозможиле и подрачјето на Битола, Битолско и пошироко во далечното минато да има големо богатство во шумски фонд. Најголемите и најквалитетните шумски комплекси во битолската општина се протегаат во подрачјето на планинскиот врв Кајмакчалан на Ниџе Планина и врвот Пелистер со Баба Планина, како и делови до Бигла Планина.
Најзастапени видови на дрва се: белиот бор, црниот бор, моликата, буката, дабот, елата и јасиката. Реонот на Кајмакчалан зафаќа површина од 14.800 ха со резерват на квалитетни шуми (црн бор, бор, ела, бука и др.)
Реонот на Баба Планина со врвот Пелистер, со исклучок на регионот на Националниот парк “Пелистер” (прв национален парк во Р.Македонија, прогласен во 1948 година) зафаќа површина од 10.400 ха (од кои борот – молика автохтониот ендемичен петтоиглен бор Pinus peuce откриен од австрискиот ботаничар August Grisebach 1839, во т.н. строго заштитена зона зафаќа еден комплекс од 1.600 ха).
По источните падини на Баба Планина има исклучително нискостеблести шуми и тоа даб 8.180 ха, бука 2.067 ха и други видови шуми 840 ха или вкупно 11.087 хектари. Во вегетацијата на “Пелистер“ има специфично ботаничко значење. Тука растат 88 видови дрвенести растенија, класифицирани во 23 фамилии.
Планинската вегетација на “Пелистер“ се расчленува на: 19 заедници, 11 сојузи, и 7 редови. Од областа на дивата фауна на “Пелистер“ живеат 62 видови животни, меѓу кои се издвојуваат еленот, срната, дивокозата, дивата свиња, мечката, рисот, зајакот, волкот, еребица и камењарката.
Од рибите, значајно е да се истакне присуство на Salmo trutta peristericus и пелагониската поточна пастрмка Salmo trutta pelagonicus.