Хасан Баба џамија е сместена во западниот дел на Битола во населбата Маџармале на десната страна на реката Драгор.
Во текот на деветнаесетиот век голем број на бегалци муслимани биле населени во овој дел на Битола во маалото кое било наречено Muhacir mahallesi (Madžar maale, Маџар Мале). Џамијата е подигната во 1628- 1640, за време на султанот Мурат IV (1623-1640).
Фазли Паша, командантот на Третата армија во Битола ја реновирал џамијата во 1883.
Неодамна започнати се работи на реновирање на џамијата заедно со минарето, мавзолејот и гробиштата кои се заградени со камен ѕид.
